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脑科学磋议关于东说念主类是一派“深海”,而在今天,众人首套单细胞折柳率的猕猴大脑皮层细胞空间分散图谱在上海发布,为脑细胞组成磋议和脑疾病发展成因探索点亮了明灯。 2023年7月12日23点, Cell期刊在线发表了题为“Single-cell spatial transcriptome reveals cell-type organization in macaque cortex”的磋论说文,该磋议后果由中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心(神经科学磋议所)与华大生命科学磋议院、临港施行室、上海脑科学与类脑磋议中心、腾讯AI Lab、深圳国度基因库、瑞典皇家理工学院、卡罗林斯卡医学院等单元106东说念主的科研团队合作攻关完成。 该磋议诈欺我国自主研发的超高精度大视场空间转录组测序时刻Stereo-seq和高通量单细胞核转录组测序时刻DNBelab C4 snRNA-seq,见效绘图了猕猴大脑皮层的细胞类型分类树,并揭示了细胞类型组成和灵长类脑区层级结构之间的关系,为进一步磋议种种神经元之间的衔接提供了分子细胞基础。 猕猴是演化中离东说念主最近的模式动物 灵长类大脑神经细胞数目雄壮,它们相互衔接变成了复杂而详细、撑握高档领会和行动的特定神经环路;这些细胞和环路的畸形导致了多种脑疾病。 大脑由哪些细胞组成、这些细胞的空间分散有什么规则,是脑科学的基本问题,其进犯性雷同于东说念主类基因组计较完成的DNA碱基序列。 通信作家、中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心磋议组组长、磋议员李澄宇先容,与其他物种比拟,灵长类动物具有更高的领会和社会智商,同期具有更大的皮层和更多细胞类型。比如与东说念主类最接近的模式动物-猕猴,其大脑包含提升60亿个神经元,左证它们的分子、模式或生理特征十分空间分散规则,不错将其分为数百种细胞类型,分散在数百个不同的脑区中。领悟皮层中细胞亚型的组成十分空间分散规则关于阐扬灵长类大脑的组织规则至关进犯。 该磋议选拔了一种新开垦的大视线空间转录组Stereo-seq步调,并趋奉任务需要,自主开垦了一种制备猕猴大脑厘米轨范薄切片的步调。趋奉大范围的单细胞核转录组分析,攻关团队得回了食蟹猴全皮层的三维单细胞空间分散图谱,为系统分析细胞类型在皮层内各层面特异和区域特异的分散,以及基因抒发特征提供了现在最完竣的灵长类大脑数据。
总体施行设想。诈欺Stereo-seq时刻收集了3只猕猴左半脑的161张厚度为10微米切片的空间转录组数据。同期诈欺显微切割趋奉单细胞核转录组测序时刻了得回了百万级别的猕猴大脑皮层单细胞核转录组数据。通过单细胞核转录组和空间转录组整合分析,绘图了食蟹猴大脑全皮层的三维单细胞空间分散图谱。 团队发现,多半振作性神经元、扼制性神经元以及非神经元细胞在大脑皮层中的分散呈现彰着的各层面及各脑区的特异性。更为意旨酷爱意旨酷爱的是,视觉和躯体嗅觉系统的细胞类型组成与脑区层级组织之间存在显耀的联系性,处于酌量层级的脑区时常具有雷同的细胞类型组成,揭示了细胞组成和脑区结构之间的关系。
猕猴大脑皮层细胞类型空间分散图谱。(A) 数百种细胞类型在猕猴大脑不同位置(上)以及5张典型代表性切片(下)上的空间分散。(B)多种细胞类型呈现各层面的分散特异性。(C)五种细胞类型十分特征基因的空间分散和抒发模式。 此外,攻关团队通过与公开垦表的东说念主脑和鼠脑的单细胞数据进行跨物种比较,发现灵长类独有的分散于第四层的振作性神经元细胞,况且这些细胞高度抒发与东说念主类疾病联系的基因,包括FOXP2, DCC以及EPHA3等。 该磋议产生了较为完竣的寰宇首套猕猴全脑皮层的单细胞以及空间转录组数据,为后续联系磋议提供了进犯的数据资源库,现已已毕公开分享(https://macaque.digital-brain.cn/spatial-omics)。
猕猴大脑皮层细胞类型及基因抒发数据库。 作家栏里密密匝匝的名字 看到磋议著作作家一栏里密密匝匝的名字,中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心全脑介不雅神经连合图谱磋议(单细胞分型)平台主任李超博士说,仿佛又回到了那时作念时空芯片施行时那吵杂超卓的场景,“很少有课题像这个名堂相同需要这样多的东说念主共同融合一皆完成,照实是众志成城,共闯难关。” 李澄宇手脚通信作家群体的代表也惊叹着此次协同攻关的力量。 据他回忆,这个名堂源起于2021年的春节,2021年2月6日,蒲慕明院士带领团队两次拜访华大,两边笃定以华大时空组学时刻、中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心猕猴脑图谱磋议为合作撑握,尽快在要点脑区 的图谱张开全面合作,引颈学科和表面发展。随后,年头二就辩论组织第一轮施行,年头三中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心诞生带领部并笃定名堂的体制机制保险、缠绵、时刻表、任务单干和蹊径图。 在2年的时刻内,磋议组每周五雷打不动开例会辩论, 有不雅点不同期热烈的争吵,有碰到窒碍时难掩的惆怅,也有看到朝阳时隔着屏幕传递出来的振作和激昂。 也恰是因为这样紧锣密饱读地合作,让寰宇首套单细胞折柳率的猕猴大脑皮层细胞空间分散图谱如斯快大地世。 李澄宇涌现,接下来将握续团队攻关,不时在脑疾病机制与靶点研发、脑细胞与脑结构演化、 脑功能的细胞分子机制等界限钻研,鼓励中国在联系界限握续产生原创性、引颈性后果。 蒲慕明院士说,中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心将坚握原则,力图在上风界限保握国外来源,在首要前沿界限占据方寸之地。 中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心(神经科学磋议所)磋议员李澄宇、刘志勇、后生磋议员孙怡迪、副磋议员沈志明,华大生命科学磋议院磋议员徐讯、刘龙奇、黎宇翔,临港施行室磋议员魏武,腾讯AI Lab AI医疗首席科学家姚建华磋议员为该论文共同通信作家。 华大生命科学磋议院磋议员陈奥、副磋议员雷莹、磋议员廖莎、硕士磋议生朱志勇,中国科学院脑科学与智能时刻超过改动中心后生磋议员孙怡迪、单细胞平台主任李超、博士磋议生孟娟、磋议员梁智锋、助理磋议员袁妮妮、工程师杨浩,临港施行室博士后柏亦沁,中国科学院上海养分与健康所博士磋议生刘振,腾讯AI Lab磋议员吴子涵为该论文的共同第一作家。 该后果得回了科技部科技改动2030-首要名堂“脑科学与类脑磋议”、上海市级首要专项“全脑神经连合图谱与克隆猴模子计较”、中国科学院、基金委、深圳市、临港施行室首要任务等名堂的支握。
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包袱剪辑:李桐 |